Structure génétique et diversité phénotypique des populations indigènes d'omble de fontaine Salvelinus fontinalis (Mitchill, 1814) de l'archipel de Saint-Pierre-et-Miquelon

Viana, Julie (2025). Structure génétique et diversité phénotypique des populations indigènes d'omble de fontaine Salvelinus fontinalis (Mitchill, 1814) de l'archipel de Saint-Pierre-et-Miquelon. Thèse. Rimouski, Université du Québec à Rimouski, Institut des sciences de la mer de Rimouski (ISMER), 227 p.

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Résumé

« Cette thèse porte sur la structure génétique et la diversité phénotypique des populations indigènes d'omble de fontaine Salvelinus fontinalis de l'archipel de Saint-Pierre-et-Miquelon. Dans un contexte où ces populations sont confrontées à des pressions croissantes, notamment en raison des activités humaines et des effets du changement climatique, ce travail vise à améliorer les connaissances scientifiques nécessaires à leur conservation et à leur gestion durable. L'étude repose sur trois axes principaux. Tout d'abord, une synthèse des connaissances existantes sur les populations locales de ce salmonidé a été réalisée, afin d'identifier les enjeux majeurs liés à leur conservation. Une analyse de la diversité et de la structure génétique a ensuite été menée à l'aide de marqueurs microsatellites pour évaluer le flux de gènes entre les hydrosystèmes et définir l'état génétique contemporain de ces populations. Enfin, un profilage phénotypique a été réalisé en s'appuyant sur des analyses transcriptomiques, afin d'identifier les réponses physiologiques des individus aux conditions environnementales spécifiques de l'archipel. Les résultats de cette étude révèlent une forte structuration génétique à fine échelle, ce qui suggère une connectivité limitée entre certaines populations, probablement en raison des caractéristiques hydrologiques locales et des comportements de dispersion restreints. Des différences de richesse allélique entre les îles, ainsi que des taux de consanguinité élevés ont également été observés. Dans le cas de l'analyse transcriptomique, des différences d'expression de gènes liés à plusieurs fonctions physiologiques clés pour les organismes (e.g., détoxification, croissance et métabolisme, osmorégulation) ont été mises en évidence, ce qui traduit des adaptations locales aux conditions environnementales variées de l'archipel. Ces travaux apportent une contribution essentielle à la biologie de la conservation des salmonidés en milieu insulaire en fournissant une base scientifique pour l'élaboration d'un plan de gestion différencié et adapté à ces populations. Ils soulignent la nécessité de prendre en compte à la fois les aspects génétiques et phénotypiques dans la mise en place de stratégies de conservation efficaces. -- Mot(s) clé(s) en français : Génétique des populations, Marqueurs microsatellites, Transcriptomique, Expression de gènes, Petites populations, Salmonidés, Salvelinus fontinalis, Saint-Pierre-et-Miquelon. »--
« The aim of this thesis was to study the genetic structure and phenotypic diversity of the native populations of brook charr Salvelinus fontinalis in the Saint-Pierre and Miquelon archipelago. In a context where these populations are facing increasing pressures, particularly due to human activities and the effects of climate change, this work aimed to improve the scientific knowledge required for their conservation and sustainable management. Three main areas were evaluated. First, a summary of existing knowledge on the local populations of this salmonid was produced, to identify the major issues related to their conservation. An analysis of the genetic diversity and structure was conducted using microsatellite markers to assess gene flow among hydrosystems and to define the contemporary genetic status of these populations. Finally, phenotypic profiling was carried out using transcriptomic analyses to identify the physiological responses of individuals to the specific environmental conditions present of the archipelago. The results of this study reveal a strong genetic structure at a fine scale, which suggests a limited connectivity among some populations, probably due to local hydrological characteristics and restricted dispersal behaviors. Differences in allelic richness among the islands, as well as high inbreeding rates in some populations, have also been observed. Transcriptomic analyses have shown differences in gene expression related to several key physiological functions (e.g., detoxification, growth and metabolism, osmoregulation) reflecting local adaptations to the varied environmental conditions of the archipelago. This work provides an essential contribution to the biology of the conservation of salmonids in island environments and a scientific basis for the development of a differentiated management plan adapted to these populations. It highlights the need to take into account both genetic and phenotypic aspects for the implementation of effective conservation strategies. -- Mot(s) clé(s) en anglais : Population genetics, Microsatellite markers, Transcriptomics, Gene expression, Small populations, Salmonids, Salvelinus fontinalis, Saint-Pierre and Miquelon. »--

Type de document :	Thèse ou mémoire de l'UQAR (Thèse)
Directeur(trice) de mémoire/thèse :	Audet, Céline et Teletchea, Fabrice
Information complémentaire :	Thèse présentée dans le cadre des programmes de doctorats en Océanographie de l'UQAR et en Science et ingénierie des ressources naturelles de l'Université de Lorraine en vue de l'obtention du grade de Philosophiae Doctor.
Mots-clés :	Omble de fontaine - Saint-Pierre-et-Miquelon ; Omble de fontaine - Adaptation - Saint-Pierre-et-Miquelon - Conditions environnementales ; Omble de fontaine - Conservation - Saint-Pierre-et-Miquelon ; Génétique des populations ; Variation (Biologie) ; Transcriptomique ; Microsatellites (Génétique) ; Archipels - Saint-Pierre-et-Miquelon - Conditions environnementales ; Salvelinus fontinalis.
Départements et unités départementales :	Institut des sciences de la mer de Rimouski (ISMER) > Océanographie
Date de dépôt :	19 déc. 2025 16:02
Dernière modification :	19 déc. 2025 16:02
URI :	https://semaphore.uqar.ca/id/eprint/3409